La SIGE fu fondata a Milano nel 1935 da un’iniziativa dei professori Ferdinando Micheli e Cesare Frugoni. Si è sviluppata nel tempo sempre con l'obiettivo di promuovere la ricerca in ambito gastroenterologico, sostenere ed espandere la formazione di medici e ricercatori nel campo delle malattie digestive, sensibilizzare l'opinione pubblica sull'importanza socioeconomica che queste rivestono.
A livello internazionale, attualmente la Società italiana di Gastroenterologia ed Endoscopia digestiva fa parte dell’UEG, all'attività della quale contribuisce con i propri delegati, ed è partner dell’American College of Gastroenterology. A livello nazionale è parte, in qualità di socio fondatore, della Federazione Italiana delle Società delle Malattie dell’Apparato Digerente (FISMAD) nell’ambito della quale organizza insieme alle società federate un congresso annuale.
La SIGE, società scientifica accreditata presso il Ministero della Salute, è iscritta alla Federazione delle Società Medico-Scientifiche Italiane-FISM.
Alla SIGE sono associati oltre 1.000 medici tra ospedalieri, universitari, liberi professionisti. Le attività istituzionali, formative e scientifiche della Società sono rese note attraverso il sito web, le circolari annuali, le newsletter e i propri canali sui social media. La rilevante attività di ricerca realizzata dai Soci è pubblicata sulle principali riviste internazionali del settore, tra le quali Digestive and Liver Disease, la rivista ufficiale della Società.
La SIGE si è adeguata al Sistema Qualità ISO 9001-2015 (R.N.: IT – 112057) ed è Provider Standard n. 1227.